Ну справедливости ради меняется В исходнике из примера парой постов выше битрейт около 4К, в крайнем примере уже под 8К. Ну это ладно.
Могу лишь предположить, что в случае с H264 за счет более высокой эффективности кодека по сжатию в 25К просто нет необходимости и энкодер автоматически упирается в самое высокое значение, которое ему кажется правильным. Но это лишь мое предположение.
Касательно качества многое зависит от воспроизводящего устройства. Я, например, так и не смог нормально настроить транскодирование в H264 под свой самсунг маленький. С mpeg2 прекрасно работает, а как переключаешь в H264 - лотерея. При этом мквшки с таким кодеком прекрасно переваривает.
Про ремукс-профили не скажу. По идее должна работать, почему нет. Опять же зависит от устройства и правильно подобранных в профиле параметров.