P.S.
И, Евгений, если Вы это читаете, функция HmsGetStreamLanguage в случае внешней дорожки возвращает еще и полный путь к файлу...

Оновные профили транскодирования принимают на входе вот эту переменную:

HmsTranscodingInputParams

И при наличии внешней аудиодорожки ее содержимое соответствует действительности:

HmsTranscodingInputParams = -probesize 7000000 -analyzeduration 10000000  -probesize 7000000 -analyzeduration 10000000 -i "<INPUT FILE>" -i "G:\download\!video\Practical.Magic.1998.HDRip.All.Films.RG\Practical.Magic.1998.HDRip.All.Films.RG.Eng.ac3"

Видим два параметра -i, один с шаблоном имени файла фильма, второй с файлом внешней аудиодорожки.
Потом эта конструкция обрастает опциями преобразования файла и размера картинки, субтитрами и прочим, а так же двумя параметрами -map для видео и аудио.
Все работает корректно.

А вот профиль "Фильмы (оптимальный)" собирает эту строку немного по-другому.
Сначала HmsTranscodingProbeParams (это первые две опции из примера),
затем проверка на смещение времени начала просмотра и добавление при необходимости опции -ss HH:MM:SS,
затем проверка на тип исходного файла и добавление опции -f mpeg при необходимости.
затем к этой конструкции лепятся опции размера картинки, видео и аудио кодеков, субтитров - в нашем случае несущественно.
И вот затем начинается самое интересное:

if bMapStreams then                           
sTranscodingParams := sTranscodingParams + Format(' -map 0:%d -map 0:%d', [HmsGetStreamIndex(stVideo, 0), HmsGetStreamIndex(stAudio, iAudioStreamNo)]);

Вот тут происходит второй "косяк". Ну то-есть по логике профиля все правильно. Он не предусматривает наличия внешней аудио дорожки.

Опция -map указывает транскодеру, какие потоки в исходных файлах нужно использовать. Первая цифра - (номер файла-1), вторая - (номер потока в файле-1)
Т.е. профиль всегда использует основной файл для выбора потока и видео и звука.
В нашем случае должно быть не -map 0:0 -map 0:2, а -map 0:0 (видеопоток) -map 1:0 (аудио дорожка).

Таким образом - понятно, что нужно сделать. Указать профилю на наличие внешней дорожки, выбранной в настройках HMS и учесть этот момент при формировании параметров использования потоков.

Не хочется писать очередной "костыль" для частного случая, а сделать универсальное решение, адекватно работающее в любых условиях, с различными типами файлов и устройствами воспроизведения.

Есть же переменная InputFileName, ну наверняка автор предусмотрел соответствующие переменные для внешних ресурсов.
Ну, например: mpAudioSelected не подходит. Она прокатит, если заранее пометить аудиодорожку в HMS. А если пользователь решил выбрать дорожку прямо с устройства через папку транскодирование? Правильно - mpAudioSelected = null.
Еще вариант. Сочетание двух переменных mpAudioStreamList и HmsGetStreamParam('A',iAudioStreamNo,siStreamFilePath). Оно на первый взгляд работает. Потестировал. Показывает идентичные результаты и при выборе дорожки в HMS и при запуске через транскодирование. Тут делов - отпарсить путь к файлу и пару условий внести в скрипт.

Но почти уверен, есть более правильное решение в недрах HMS.

Зачем это все? Да в этом профиле можно реализовать большую часть уже опубликованных на форуме наработок. И с AR, и scale, и с акселерацией, автоподстановкой субтитров  и пр.
Причем просто добавляя процедурку в профиль. Без костылей и регекспов.

UPD

Благодаря любезно предоставленному WendiH оффлайн справочнику переменных и функций HMS раскопал вот такую конструкцию:

HmsGetStreamParam('A',iAudioStreamNo,siStreamFilePath)

Если результат вызова этой функции не null, то он содержит искомый нами путь к внешней дорожке.

И потом так:

HmsTranscodingMapParams(iAudioStreamNo);

Попробуем разобраться.
Не знаю, может вы знаете, но до меня не сразу дошло.... Что профили транскодирования можно выполнять в отладчике. Для этого нужно сначала выделить ссылку на видео фильм и потом пойти в Настройки, Транскодер, Профили, выбрать интересующий профиль, открыть его скрипт и начать отладку прям там. И он будет срабатывать на текущую ссылку.

Я так и делал. А еще там можно выбрать профиль устройства, для которого выполняется скрипт. Собственно все цитаты из этого дебага. Но самостоятельно разобраться у меня не получилось

Понравилась мне концепция универсального профиля для транскодирования в зависимости от возможностей конечного устройства воспроизведения. Здорово ведь. Построил один раз таблицу совместимости и забыл. И все правки можно вносить в один единственный профиль, если что-то захочется доработать.
Здорово еще и то, что в этом профиле четко считается соотношение сторон фильма и устройства воспроизведения и можно забыть про допилку и прочие костыли с перехватом командной строки ffmpeg. Здесь же можно и все параметры кодеков и аппаратное ускорение обработки вставить. В-общем лепота.
И все бы хорошо, только сразу наткнулся на косяк, справиться с которым пока не получается. Суть в следующем:
Есть фильм, к нему отдельно скачал английскую аудиодорожку. Подцепил. Выбрал ее. В карточке все выглядит культурно.

Видеодорожка, аудиодорожка с русской озвучкой и ниже внешняя аудиодорожка с англ озвучкой.
Установил профиль - Фильмы (оптимальный). Настроил таблицу для телика.
Запускаю фильм на телике - фигвам. Запускаю выборочно другие - работает все чудесно.
Делаю тестовое транскодирование - получаю ошибку в параметре -map.
Смотрю на строку транскодирования и вижу косяк. Там нет упоминания о файле с внешней аудиодорожкой. Вот так она выглядит (взял из дебага):

А вот так выглядит строка после профиля Фильмы (дополнительный), да и после основного:

Да, там два раза -probesize 7000000 -analyzeduration 10000000, но это не мешает. А вот отсутствие упоминания о файле с внешней дорожкой режет глаз не только мне, но и самому HMS, ибо транскодировать он это отказывается. Обратите внимание на мапы видео и аудио. Аудио различается.

Моих познаний хватило для того, чтобы понять, что при обработке аудиодорожки в профиле Фильмы оптимальный, скрипт считает, что аудио упаковано в том же файле, и формирует строку для транскода, исходя из этой уверенности. При этом параметры кодека, кол-ва каналов и проч он вполне замечательно получает из недр HMS.

Очень прошу знатоков и профи помочь с доработкой профиля для корректного взаимодействия с внешними аудио дорогами и субтитрами. Да и разработчику потом отправим, пусть чинит.

Заранее благодарю.